Het updaten van jQuery kan eenvoudig via je eigen template.
Als de je bron van een default Joomla installatie met protostar bekijkt, dan kun je daarin een regel zien waarin het bestand jquery.min.js geladen wordt.
<script src="/media/jui/js/jquery.min.js?...
Maak in je eigen template de directory js/jui aan en plaats daarin jouw versie van jQuery.
Bij het renderen van de pagina zal Joomla eerst daarin kijken alvorens terugvalt op de default jQuery.
Dit zul je dan zien dat op dezelfde plek als weer eerst media/jui/js/jquery.min.js stond er nu templates/jouwtemplate/js/jui/jquery.min.js staat.