Joomla 'pakt' mijn aangepaste css niet meer

Ik heb eergisteren een update gedaan van Joomla.
Gisteravond viel het mij op dat de links ineens weer lichtblauw waren ipv donkergrijs die ik ze had gemaakt.

Ik heb na de update de regel weer vlak voor de </head> teruggeplaatst in mijn index.php

Voorheen zag ik ook met firebug aangepast.css staan, maar dat zie ik nu ook niet meer.
Ik heb vòòr de update mijn aangepast.css opgeslagen en na de update weer teruggeplaatst.

Ik heb inmiddels overal weer alles aangepast naar donkergrijs voor zover het dat nog niet was, maar de links blijven lichtblauw, en in firebug zijn mijn aanpassingen doorgestreept.

De enige die ik kan vinden in firebug die nog lichtbauw is, die heeft een rare locatie er achter staan waarvan ik niet weet waar ik dat moet zoeken.

Hoe krijg ik nu mijn links weer donkergrijs, en dat Joomla mijn aangepast.css weer laadt?


.

En wat gebeurt er als je de code gewoon in je head zet na het aanroepen van de head van Joomla. Dus zo als in het volgende voorbeeld,

Gelukkig wordt een zelfgemaakte CSS-bestand bij Protostar vanaf Joomla 3.5 ondersteund, dan kan je hem bij de template-opties toewijzen en heb je geen gedoe meer met dit in de code aan te passen.

<?php echo JUri::root(true); ?> geeft het absolute path, geen url
Haal true weg om een url te krijgen.

meer info:
docs.joomla.org/JURI/root