blijft de php code doorgaan wanneer er een javascript alert is?

Bij mijn code heb ik een submit, als die geklikt word komen er nieuwe rows in sql (sql is verder niet relevant). Blijft de code doorgaan als ik tegelijkertijd een alert in javascript laat zien of moeten ze eerst die alert wegklikken?

(zelf opgelost, in de meeste gevallen blijft de code waarschijnlijk wel doorgaan, maar in mijn geval niet want ik gebruik de alert in een ajax-call (de php code zit in die alert).)