DIe waarschuwing zegt het eigenlijk zelf al.
Er is blijkbaar een risico als je via de browser een bestand download dat deze niet helemaal goed is. Ik heb zelf met backups downloaden via de browser nog nooit problemen ondervonden.
Wat de veiligste route is, zoals de popup zegt, is een SFTP verbinding naar je website te maken en via dat programma de backup downloaden.

SFTP is een beveiligde verbinding met jouw server die niet te onderscheppen is. Maar dan moet je website wel een SSL-certificaat hebben, anders werkt het niet.

Akeeba geeft deze waarschuwing. Nicholas, Lead Developer and Director van Akeeba geeft hier antwoord op forum akeeba Gewoon proberen, maar wel de file controleren. Om zeker te zijn is (s)ftp een betere manier (voorkeur SFTP). De map waarin de backup(s) staan van Akeeba is standaard te vinden in /administrator/components/com_akeeba/backup als dat pad niet is aangepast Sommige webhosters laten ook toe om via een cpanel bestanden te downloaden. Dat gaat meestal een stuk sneller. Nicholas zegt dat 50MB normaal gesproken geen probleem hoeft op te leveren via die download button in de afbeelding, maar de instellingen van de webhoster zijn ook van belang.

Wij downloaden alleen vanuit de site als het echt niet anders kan. We hebben twee keer meegemaakt dat een backup corrupt was (op een stuk of 20 keer downloaden).

Als je via SFTP of de file manager van je hosting kunt transferren / downloaden dan zou ik dat doen als ik jou was.